Слободна мисао сарађује са организацијама и појединцима који дијеле вриједности слободног друштва, економских и политичких слобода, те поштовања индивидуалних и колективних људских права.

Слободна мисао је чланица Атлас мреже http://atlasnetwork.org/ и Стокхолмске мреже http://www.stockholm-network.org/ гдје се налазе организације које дијеле сличне погледе на свијет.

Слободна мисао сарађује и са Фондацијом за економско образовање http://fee.org/ а њени сарадници учествују на семинарима и конференцијама у организацији ФЕЕ.